Cuando abrió el primer colegio, María del Refugio se propuso impartir una educación ordenada e integral (intelectual, moral, física, social y del carácter), útil y que satisfaciera los programas oficiales, empleando en todo los métodos avanzados de la pedagogía. Consideraba que no basta la buena intención y todos los esfuerzos de la directora y los profesores. Sino que debe imperar el orden, la disciplina, el estímulo, las recompensas, los métodos y sus fines, los medios y los resultados.

     Se propuso formar en los educandos hábitos de bien obrar, enseñarles a gobernar las pasiones por medio de la voluntad, para que bien ordenadas y ayudadas de la gracia recibida en la comunión eucarística, los conduzca al bien. Dio primacía a las clases de religión y la vida de piedad de los niños, incluyendo en las actividades cotidianas visitas al Santísimo Sacramento y el rezo del Rosario.

     En la enseñanza de la historia, las costumbres, la lengua y todo lo que representa el patrimonio cultural y religioso de un país, vio un medio para acercar a Dios. Incluso entre las religiosas inculcó el amor a la patria, para motivar la oración reparadora por los pecados nacionales. Pero la misión del Instituto es universal y ello explica que la enseñanza de las lenguas y las culturas extranjeras revistiera gran importancia.

     Implementó a la educación del entendimiento y la voluntad, ejercicios gimnásticos, alimentación sana y nutritiva, baños frecuentes, excursiones y paseos para descansar del trabajo intelectual y para alcanzar un adecuado desarrollo físico y una vida higiénica saludable. Puesto que los colegios están originalmente pensados para la educación de la mujer, incluyó cursos enfocados a desarrollar en las niñas las características propias de su feminidad, como son encaje y bordado, adorno, flores artificiales, cocina, música y pintura.

     Estimulaba al alumnado por medio de tarjetas semanales, distinciones en el cuadro de honor mensual y con premios al finalizar el curso anual, consistente en libros escogidos y adecuados a la edad de los agraciados.

     Estableció asociaciones piadosas para las niñas, e invitaba a las familias a que tomaran parte en algunos actos litúrgicos celebrados en la capilla semipública del colegio.

     Para infundir la caridad, puso una alcancía en el colegio de paga para que las alumnas depositaran algunos centavos y con los ahorros comprar vestidos y juguetes para las niñas de los colegios gratuitos. También juntaba víveres entre las familias para repartirlos a los pobres y llevaba alumnas a jugar con los huérfanos de la Casa de Cuna Católica, enseñándoles a “convivir y compartir con ellos de una manera muy natural, no como una caridad o un servicio”.

     Las hermanas han de ejercer una vigilancia continua y absoluta sobre los alumnos, convenciendo, persuadiendo y previniendo las faltas más que corrigiéndolas. La vigilancia preventiva es, de hecho, uno de los puntos en los que más insistió, haciéndoles ver que son responsables ante Dios de la pureza de los niños y que por lo mismo no deben dar ocasiones de pecado dejándolos solos, ni siquiera con sus familiares (excepto los padres) y que, aún cuando el altar con el Santísimo expuesto se estuviera incendiando, atendieran primero a los niños.

     En los recreos de los niños las religiosas deben tomar parte en sus juegos, escuchar sus conversaciones y enseñarles a amar a Jesús Sacramentado y a huir del pecado. Con frecuencia repetía que: “su penitencia no debe consistir en disciplinas y ayunos, sino en educar a las niñas y ver por la salvación de las almas”.

     Para no tener que recurrir a castigos, es indispensable que los alumnos se eduquen por el propio convencimiento del deber. Ligado a este principio, podemos mencionar también el que aprendan a siempre decir la verdad, sin importar las consecuencias.

     Dispuso que a los niños de malas costumbres no los despidan, sino que los vigilen, para evitar que ofendan a Dios. Solo en el caso de persistir la mala conducta tendrían éstos que abandonar el establecimiento